Riksarkivet leder sitt ursprung till det arkiv som efterhand växte fram inom Kungl. Maj:ts kansli, föregångaren till dagens regeringskansli. Med början under Gustav Vasas regering skapades ett arkiv bestående dels av dokument upprättade inom kansliet, dels av inkomna handlingar. Redan kung Gustav berikade dessutom kungliga kansliets arkiv med äldre, insamlade dokument.
I kansliordningen den 16 oktober 1618, vars upphovsman var rikskanslern Axel Oxenstierna, föreskrevs för första gången att en särskilt utsedd sekreterare, med två skrivare till sin hjälp, skulle ha till uppgift att ansvara för arkivet. Detta benämndes i kansliordningen ”riksens archivum”. Därmed hade Riksarkivet som institution skapats.
Med tiden fick det växande och åldrande arkivet allt mindre betydelse för kansliets dagliga verksamhet, samtidigt som de historiska forskarna blev fler. Riksarkivet utvecklades under 1800-talets lopp till ett svenskt nationalarkiv. Dock utgjorde det en del av Kungl. Maj:ts kansli ända till 1878, då det blev en självständig myndighet under ledning av riksarkivarien.
För att för framtiden bevara de statliga regional- och lokalförvaltningarnas arkiv skapades under åren 1899–1935 sju landsarkiv, som 2010 förenades med Riksarkivet till en myndighet. Krigsarkivet, som tillkommit 1805, införlivades med Riksarkivet 1995.
Organisationens utveckling
1618 bildades Riksarkivet
1805 räknar Krigsarkivet som sitt ursprung
1899 öppnades Landsarkivet i Vadstena som första landsarkiv. Riksarkivet är chefsmyndighet över landsarkiven.
1903 bildades två landsarkiv, ett i Lund, ett i Uppsala
1905 kom nästa landsarkiv, denna gång i Visby
1911 utökades den statliga arkivorganisationen med Landsarkivet i Göteborg
1928 startade Landsarkivet i Östersund sin verksamhet
1935 slog Landsarkivet i Härnösand upp dörrarna
1953 läggs Riksheraldikerämbetet ner och dess uppgifter tas över av Riksarkivet
1995 går Krigsarkivet in som en avdelning i Riksarkivet
2009 Upphör den tidigare förvaltningsmyndigheten Svenskt biografiskt lexikon och arbetet med att ge ut lexikonet införlivas i Riksarkivets verksamhet
2010 slås Riksarkivet och landsarkiven samman till en myndighet: Riksarkivet