Slottsarkivets bestånd omfattar de olika hovstaternas och nuvarande kungliga slottens arkiv samt arkiven efter olika slott som en gång varit i kunglig ägo. Bland handlingar från 1500-talet kan nämnas klädkammaren, husgerådskammaren, livrustkammaren, silverkammaren, hovförtäringen, vinkällaren och hovstallet. Under 1600-talet tillkom hovkontoret och borgrätterna vars arkiv också återfinns i Slottsarkivet. Från 1700-talet finns arkiv även från riksmarskalksämbetet och hovexpeditionen. Kungl. Djurgårdsförvaltningen är den enhet som har hand om Kungliga Djurgården i Stockholm.
Flera samlingar i Slottsarkivet innehåller handlingar och räkenskaper från kungliga händelser från 1500- och 1600-talet och fram till 1900-talets mitt: kungliga födelser och dop, bröllop, begravningar, kröningar, resor och fester. Dessutom finns samlingen Kungliga och furstliga personers enskilda egendom, som innehåller spridda förteckningar över möbler, husgeråd m.m. Slottsarkivet förvarar också arkiven från en rad olika kungliga fonder och stiftelser.
Samlingen Kungliga arkiv, som finns i Riksarkivet Marieberg, är vid sidan av Slottsarkivet den viktigaste källan för uppgifter om kungafamiljen och hovet i äldre tid. Samlingen omfattar tiden från Gustav Vasa till Karl XIV Johan och är uppdelad på kungars, drottningars, prinsars och prinsessors arkiv.
Kungafamiljens privata arkiv finns i Bernadotteska arkivet. Det förvaras inte i Slottsarkivet. Förfrågningar rörande arkivet ställs till Bernadotteska familjearkivet, c/o Riksmarskalksämbetet, Kungliga slottet, 111 30 Stockholm.
